Tím prvním je samotné odebrání systému z pevného disku a druhý krok spočívá v odstranění linuxového zavaděče z MBR a následné obnově MBR pro zůstavší operační systém. Odstranění Linuxu z disku lze provést vícero způsoby, asi nejjednodušším je použití libovolné live distribuce a programu fdisk, popřípadě cfdisk. Také je ale možné tento krok přeskočit, vyčistit MBR a až poté z Windows s použitím aplikace Správce disku všechny „nepohodlné“ oddíly smazat. Pro úspěšné odstranění linuxového zavaděče z MBR a zároveň obnovu zavaděče Windows budeme potřebovat v případě OS 2k nebo XP instalační médium, kde stačí spustit konzoli pro zotavení a napsat příkaz fixmbr.
Tento příkaz se týká pouze výše uvedených verzí, v případě, že se na vašem disku nachází Windows 95, 98 nebo ME, budete si muset nejprve vytvořit zaváděcí disketu, pomocí které v prostředí DOSu napíšete příkaz FDISK /MBR. Nyní stačí provést pouhý restart počítače, a pakliže nedošlo v předchozím užívání k poškození tabulky oddílů, Windows vám s nejvyšší pravděpodobností v pořádku nastartuje.