Jednou z dlouhodobě působících komerčních certifikačních autorit provozuje firma Comodo Group, Inc. Ta si před časem podala návrh na registraci tří ochranných známek, obsahujících „Let's Encrypt“ (jednou z nich je i toto sousloví samo o sobě). Přitom nikdy tuto značku nepoužívala, naopak se jedná o označení projektu a certifikační autority, která poskytuje doménové certifikáty automatizovaně a zdarma; za projektem a autoritou stojí neziskové sdružení Internet Security Research Group (ISRG).
Organizace ISRG vyzvala Comodo – jak přímo, tak prostřednictvím právníků – aby žádosti o registraci stáhla, firma to však odmítla. Sdružení je připraveno svou značku, jejíž vybudování je výsledkem dlouhodobé usilovné práce, tvrdě bránit, pokud to bude nutné. Dlouhodobé spory by byly samozřejmě nákladné a odčerpávalo by oběma stranám síly určené pro dosažení cílem, kterým je bezpečnější, soukromí respektující web. Proto ISRG apeluje na Comodo, aby firma ukončila své snahy o registraci a místo toho se zaměřila na vylepšování webu.