Dřívější obavy, že by se firma Microsoft mohla snažit využít zabezpečené spouštění systému (secure boot) k ochraně proti zavedení jiného systému, než je ten předinstalovaný (tedy Windows), se ukázaly jako oprávněné. Firma totiž upravila certifikační požadavky (Windows Hardware Certification Requirements) tak, aby do přístrojů s architekturou ARM nebylo možné zavést jiný systém. Úspěšně certifikováno bude jen to zařízení, které nebude umožňovat Custom Mode (režim umožňující přidávání podpisů alternativních systémů) a současně u něj nepůjde vypnout secure boot jako takový.
To ve svém důsledku znamená, že pokud výrobce bude chtít dodávat přístroje se systémem Windows 8, bude se muset požadavkům podřídit a znemožní tak používání alternativních systémů (včetně GNU/Linuxu) na těchto přístrojích. Hrozba se netýká jen Windows Phone na malých mobilních přístrojích, ale dopadne i na větší zařízení. Qualcomm totiž připravuje tablety a ultrabooky založené na platformě ARM, na kterých by měl běžet systém Windows 8.