V pátek 11.10.2013 byla vydána nová verze 4.1 serverové technologie Samba. Na klientské straně přibyla podpora protokolů SMB2 a SMB3 (serverová část podporuje SMB3 už od verze 4.0, protokol SMB2 od verze 3.6; lze je používat také při komunikaci s novějšími verzemi Microsoft Windows). S tím souvisí i podpora nativního šifrování přenosů v rámci protokolu SMB3 a podpora kopírování souborů přímo na serveru (bez přenosu po síti) pomocí SMB2.
Přepsání replikace databází adresářů Active Directory přineslo kromě vyššího výkonu a spolehlivosti také možnost replikace se servery s výrazně změněnými schématy (např. DC ve Windows 2012 Server nebo po instalace Microsoft Exchange). Novinkou je také podpora některých specifických vlastností souborového systému Btrfs (sdílení extentů).
Naopak byl ze Samby odstraněn administrační nástroj Samba Web Administration Tool (SWAT). Důvodem bylo to, že delší dobu nebyl udržován (a v týmu není k dispozici nikdo, kdo by ho byl schopen udržovat) a byly v něm neopravené vážné bezpečnostní chyby.