Kontejnery unikernel jsou na pomezí klasické kontejnerizace a virtualizace. Obsahují odlehčené jádro a minimální sadu dalších komponent operačního systému potřebnou k běhu aplikace. Lze je spouštět na hypervizorech, cloudových platformách a v neposlední řadě v embedded prostředí (systém vestavěný do zařízení, dnes často pro Internet věcí).
Společnost EMC Corporation nyní nabízí nástroj UniK (pod licencí Apache), jenž slouží pro jednoduché nasazování aplikací metodou unikernel. Ovládání z příkazové řádky je podobné jako u Dockeru. Pro aplikace v jazycích Python3, Go a JavaScript (platforma Node.js) se používá unikernel rump (brzy přibude i podpora pro C/C++), pro jazyk Java potom OSv.