Raspberry Pi 3 je na trhu teprve pár dní a už je předmětem kontroverze. Někteří lidé totiž hlásí, že pokud si na svém přístroji pouští zátěžové benchmarky, teplota vystoupá až ke 100 ºC. Eben Upton, spoluzakladatel Raspberry Pi Foundation, však tvrdí, že při běžném provozu se nové Raspberry Pi nepřehřeje, protože typická zátěž je složena z krátkých intervalů vysokého vytížení procesoru.
"Ve většině případů uvidíte profil výkonu výrazného charakteru krátkých špiček. Takže to, co hledáte, je 'Mohu to provozovat velmi rychle po dobu jedné vteřiny?' nebo 'Mohu to provozovat velmi rychle ve špičkách trvajících 50 ms?'" Někteří uživatelé hlásí také problém s frekvencí procesoru - ta by se při zátěži měla zvýšit z klidových 600 MHz na 1200 MHz, ale údajně k tomu u nich nedochází (a proto k přehřívání naopak nedochází).