Hledal jsem nějakou dobu řešení a našel jsem. Budete k tomu potřebovat balíčky cuetools, shntool a flac. Pak už stačí jen:
cuebreakpoints soubor.cue | shnsplit -o flac soubor.flac
Soubory budou pojmenovány split-track01.flac a tak dále. Abyste do nich dostali ID3 tagy, pusťte ještě:
cuetag soubor.cue split-track*.flac
Nakonec stačí soubory přejmenovat například Thunarem.